纳帕海自然保护区位于中甸县城西北部，距县城8公里。保护区面积3125平方公里、海拔3266米、湖泊积水面积660平方公里。保护区地势平坦，三面环山，冬春季节，山岭积雪。那曲河、奶子河等十余条河弯弯曲曲，流经草源注入纳帕海。海西北面的辛苦雅拉雪女山麓有天然落水洞九处，洪水经过溶洞，从尼西汤满河排出、流入金沙江。每逢雨季、湖面增高、到旱季洪水排出、湖面缩小、大部分地区成为沼泽和草甸。